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1.Imagem marcado/desmarcadoSOARES, F. M.; KOFFLER, S.; GHILARDI-LOPES, P. N.; CARVELL, C.; CHIAZZESE, J.; DRUCKER, D. P.; SALIM, J. A.; ALBERTINI, B. de C.; NUNES-SILVA, P.; SARAIVA, A. M. Flower-Insect Timed Counts (FIT Count): protocol adaptation and preliminary results in Brazil. Biodiversity Information Science and Standards, v. 7, 3111545, 2023. Presented at TDWG 2023.

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2.Imagem marcado/desmarcadoSALIM, J. A.; SARAIVA, A. M.; ZERMOGLIO, P. F.; AGOSTINI, K.; WOLOWSKI, M.; DRUCKER, D. P.; SOARES, F. M.; BERGAMO, P. J.; VARASSIN, I. G.; FREITAS, L.; MAUES, M. M.; RECH, A. R.; VEIGA, A. K.; ACOSTA, A. L.; ARAUJO, A. C.; NOGUEIRA, A.; BLOCHTEIN, B.; FREITAS, B. M.; ALBERTINI, B. C.; MAIA-SILVA, C.; NUNES, C. E. P.; PIRES, C. S. S.; SANTOS, C. F. dos; QUEIROZ, E. P.; CARTOLANO, E. A.; OLIVEIRA, F. F. de; AMORIM, F. W.; FONTÚRBEL, F. E.; SILVA, G. V. da; CONSOLARO, H.; ALVES-DOS-SANTOS, I.; MACHADO, I. C.; SILVA, J. S.; ALEIXO, K. P.; CARVALHEIRO, L. G.; ROCCA, M. A.; PINHEIRO, M.; HRNCIR, M.; STREHER, N. S.; FERREIRA, P. A.; ALBUQUERQUE, P. M. C. de; MARUYAMA, P. K.; BORGES, R. C.; GIANNINI, T. C.; BRITO, V. L. G. Data standardization of plant-pollinator interactions. GigaScience, v. 11, p. 1-15, 2022.

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3.Imagem marcado/desmarcadoKOFFLER, S.; SOARES, F. M.; GHILARDI-LOPES, N. P.; ALBERTINI, B.; DRUCKER, D. P.; SALIM, J. A.; NUNES-SILVA, P.; FRANCOY, T. M.; SARAIVA, A. M.; CARVELL, C. FIT Count Brasil: monitoramento de visitantes florais por contagem. Santo André, SP: Universidade Federal do ABC, 2022. 90 p. (Ciência cidadã, v. 7).

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4.Imagem marcado/desmarcadoDRUCKER, D. P.; SALIM, J. A; TREKELS, M.; GROOM, Q.; PARR, C.; SOARES, F. M.; AGOSTINI, K.; SARAIVA, A. M.; MOLLOY, L.; HODSON, S.; GREGORY, A. Plant-pollinator interaction data: a case study of the WorldFAIR Project. Biodiversity Information Science and Standards, v. 6, e94310, 2022. Edição de resumos de The Biodiversity Information Standards (TDWG) annual conference, 2022, Sofia, Bulgaria.

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5.Imagem marcado/desmarcadoSALIM, J. A; ZERMOGLIO, P. F.; DRUCKER, D. P.; SOARES, F. M.; SARAIVA, A. M.; AGOSTINI, K.; FREITAS, L.; WOLOWSKI, M.; RECH, A. R.; MAUES, M. M.; VARASSIN, I. G. Plant-pollinator vocabulary - a contribution to interaction data standardization. Biodiversity Information Science and Standards, v. 5, p. 1-3, 2021. Trabalho apresentado na TDWG 2021 virtual annual conference. e75636.

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6.Imagem marcado/desmarcadoSALIM, J. A; ZERMOGLIO, P. F.; DRUCKER, D. P.; SOARES, F. M.; SARAIVA, A. M.; AGOSTINI, K.; FREITAS, L.; WOLOWSKI, M.; RECH, A. R.; MAUES, M. M.; VARASSIN, I. G. Plant-pollinator vocabulary - a contribution to interaction data standardization. Biodiversity Information Science and Standards, v. 5, p. 1-3, 2021. Trabalho apresentado na TDWG 2021 virtual annual conference. e75636.

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7.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; SALIM, J. A.; MORAES, F. R. de; BORRO, L.; NESHICH, G. A comparison between internal protein nanoenvironments of α-helices and beta-sheets. Plos One, v. 15, n. 12, p. 1-13, Dec. 2020. Artigo e0244315.

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8.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; BORRO, L. C.; JARDINE, J. G.; YANO, I. H.; SALIM, J. A.; NESHICH, G. Study of specific nanoenvironments containing [alfa]-helices in all-[alfa] and ([alfa]+[beta])+([alfa]/[beta]) proteins. Plos One, v. 13, n. 7, p. 1-25, 2018. Artigo e0200018.

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9.Imagem marcado/desmarcadoJARDINE, J. G.; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; MORAES, F. R. de; SALIM, J. A; BORRO, L.; NISHIMURA, L. S.; NESHICH, G. Computational Molecular Biology and its applications in agriculture. In: MASSRUHÁ, S. M. F. S.; LEITE, M. A. de A.; LUCHIARI JUNIOR, A.; ROMANI, L. A. S. (Ed.). Information and communication technologies and their relations with agriculture. Brasília, DF: Embrapa, 2016. ch. 6, p. 103-118.

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10.Imagem marcado/desmarcadoNESHICH, G.; YANO, I. H.; MAZONI, I.; SALIM, J. A; BORRO, L. C. STING_MSSP: Multiple structure single parameter. Versão 1.0. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2016.

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11.Imagem marcado/desmarcadoSALIM, J. A.; BORRO, L.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Multiple structure single parameter: analysis of a single protein nano environment descriptor characterizing a shared loci on structurally aligned proteins. Bioinformatics, v. 32, n. 12, p. 1885-1887, 2016.

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12.Imagem marcado/desmarcadoSALIM, J. A.; BORRO, L.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Multiple Structures Single Parameter (MSSP): analysis of a single protein nano environment descriptor characterizing a shared loci on structurally aligned proteins. Bioinformatics Advance, v. 32, n. 12, p. 1885-1887, June 2016.

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13.Imagem marcado/desmarcadoNESHICH, I. A. P.; NISHIMURA, L.; MORAES, F. R. de; SALIM, J. A.; VILLALTA-ROMERO, F.; BORRO, L.; YANO, I. H.; MAZONI, I.; TASIC, L.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Computational Biology tools for identifying specific ligand binding residues for novel agrochemical and drug design. Current Protein and Peptide Science, v. 16, n. 8, p. 701-717, 2015.

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14.Imagem marcado/desmarcadoSALIM, J. A. Aplicação de técnicas de reconhecimento de padrões usando os descritores estruturais de proteínas da base de dados do software STING para discriminação do sítio catalítico de enzimas. 2015. 216 p. il. Dissertação (Mestrado) - Faculdade de Engenharia Elétrica e Computação, Universidade Estadual de Campinas, Campinas. Orientador: Fernando José Von Zuben, Co-orientador: Goran Neshich.

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15.Imagem marcado/desmarcadoBORRO, L. C.; SALIM, J. A.; MAZONI, I.; YANO, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Improving binding affinity prediction by using a rule-based model with physical-chemical and structural descriptors of the nano-environment for protein-ligand interactions. In: CONGRESS OF THE INTERNATIONAL UNION FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 23.; ANNUAL MEETING OF THE BRAZILIAN SOCIETY FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 44., 2015, Foz do Iguaçu. Biochemistry for a better world: abstracts book. [Foz do Iguaçu]: SBBq, 2015. p. 153. C.047.

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16.Imagem marcado/desmarcadoNESHICH, G.; NESHICH, I. A. P.; MORAES, F.; SALIM, J. A.; BORRO, L.; YANO, I. H.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; ROCCHIA, W. Using structural and physical-chemical parameters to identify, classify, and predict functional districts in proteins-the role of electrostatic potential. In: ROCCHIA, W.; SPAGNUOLO, M. (Ed.). Computational electrostatics for biological applications: geometric and numerical approaches to the description of electrostatic interaction between macromolecules. Cham: Springer, 2015. Chapter 12. p. 227-254.

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17.Imagem marcado/desmarcadoJARDINE, J. G.; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; MORAES, F. R. de; SALIM, J. A.; BORRO, L.; NISHIMURA, L. S.; NESHICH, G. Biologia computacional molecular e suas aplicações na agricultura. In: MASSRUHÁ, S. M. F. S.; LEITE, M. A. de A.; LUCHIARI JUNIOR, A.; ROMANI, L. A. S. (Ed.). Tecnologias da informação e comunicação e suas relações com a agricultura. Brasília, DF: Embrapa, 2014. Cap. 6. p. 101-117.

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18.Imagem marcado/desmarcadoMORAES, F. R. de; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; PEREIRA, J. G. C.; SALIM, J. A.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Improving predictions of protein-protein interfaces by combining amino acid-specific classifiers based on structural and physicochemical descriptors with their weighted neighbor averages. Plos One, San Francisco, v. 9, n. 1, p. 1-15, Jan. 2014.

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19.Imagem marcado/desmarcadoSALIM, J. A.; VON ZUBEN, F. J.; MORAES, F. R. de; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; JARDINE, J.; NESHICH, G. Characterization of catalytic site residues using STING_DB structural descriptors. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY; STRUCTURAL BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOPHYSICS CONFERENCE MEETING, 8., 2012, Long Beach, California. Abstracts... California: ISCB, 2012. Não paginado. Poster. 3DSIG 2012.

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20.Imagem marcado/desmarcadoYANO, I. H.; MORAES, F. R. de; SALIM, J. A.; NESHICH, G.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G. RNDS: Rede Neural para Classificar Descritores do Sting. Versão 1.0. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2012. 1 CD-ROM.

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1.Imagem marcado/desmarcadoSOARES, F. M.; KOFFLER, S.; GHILARDI-LOPES, P. N.; CARVELL, C.; CHIAZZESE, J.; DRUCKER, D. P.; SALIM, J. A.; ALBERTINI, B. de C.; NUNES-SILVA, P.; SARAIVA, A. M. Flower-Insect Timed Counts (FIT Count): protocol adaptation and preliminary results in Brazil. Biodiversity Information Science and Standards, v. 7, 3111545, 2023. Presented at TDWG 2023.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: B - 3
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2.Imagem marcado/desmarcadoDRUCKER, D. P.; SALIM, J. A; TREKELS, M.; GROOM, Q.; PARR, C.; SOARES, F. M.; AGOSTINI, K.; SARAIVA, A. M.; MOLLOY, L.; HODSON, S.; GREGORY, A. Plant-pollinator interaction data: a case study of the WorldFAIR Project. Biodiversity Information Science and Standards, v. 6, e94310, 2022. Edição de resumos de The Biodiversity Information Standards (TDWG) annual conference, 2022, Sofia, Bulgaria.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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3.Imagem marcado/desmarcadoSALIM, J. A.; SARAIVA, A. M.; ZERMOGLIO, P. F.; AGOSTINI, K.; WOLOWSKI, M.; DRUCKER, D. P.; SOARES, F. M.; BERGAMO, P. J.; VARASSIN, I. G.; FREITAS, L.; MAUES, M. M.; RECH, A. R.; VEIGA, A. K.; ACOSTA, A. L.; ARAUJO, A. C.; NOGUEIRA, A.; BLOCHTEIN, B.; FREITAS, B. M.; ALBERTINI, B. C.; MAIA-SILVA, C.; NUNES, C. E. P.; PIRES, C. S. S.; SANTOS, C. F. dos; QUEIROZ, E. P.; CARTOLANO, E. A.; OLIVEIRA, F. F. de; AMORIM, F. W.; FONTÚRBEL, F. E.; SILVA, G. V. da; CONSOLARO, H.; ALVES-DOS-SANTOS, I.; MACHADO, I. C.; SILVA, J. S.; ALEIXO, K. P.; CARVALHEIRO, L. G.; ROCCA, M. A.; PINHEIRO, M.; HRNCIR, M.; STREHER, N. S.; FERREIRA, P. A.; ALBUQUERQUE, P. M. C. de; MARUYAMA, P. K.; BORGES, R. C.; GIANNINI, T. C.; BRITO, V. L. G. Data standardization of plant-pollinator interactions. GigaScience, v. 11, p. 1-15, 2022.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 2
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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4.Imagem marcado/desmarcadoKOFFLER, S.; SOARES, F. M.; GHILARDI-LOPES, N. P.; ALBERTINI, B.; DRUCKER, D. P.; SALIM, J. A.; NUNES-SILVA, P.; FRANCOY, T. M.; SARAIVA, A. M.; CARVELL, C. FIT Count Brasil: monitoramento de visitantes florais por contagem. Santo André, SP: Universidade Federal do ABC, 2022. 90 p. (Ciência cidadã, v. 7).
Tipo: Autoria/Organização/Edição de Livros
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5.Imagem marcado/desmarcadoSALIM, J. A; ZERMOGLIO, P. F.; DRUCKER, D. P.; SOARES, F. M.; SARAIVA, A. M.; AGOSTINI, K.; FREITAS, L.; WOLOWSKI, M.; RECH, A. R.; MAUES, M. M.; VARASSIN, I. G. Plant-pollinator vocabulary - a contribution to interaction data standardization. Biodiversity Information Science and Standards, v. 5, p. 1-3, 2021. Trabalho apresentado na TDWG 2021 virtual annual conference. e75636.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental.
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6.Imagem marcado/desmarcadoSALIM, J. A; ZERMOGLIO, P. F.; DRUCKER, D. P.; SOARES, F. M.; SARAIVA, A. M.; AGOSTINI, K.; FREITAS, L.; WOLOWSKI, M.; RECH, A. R.; MAUES, M. M.; VARASSIN, I. G. Plant-pollinator vocabulary - a contribution to interaction data standardization. Biodiversity Information Science and Standards, v. 5, p. 1-3, 2021. Trabalho apresentado na TDWG 2021 virtual annual conference. e75636.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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7.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; SALIM, J. A.; MORAES, F. R. de; BORRO, L.; NESHICH, G. A comparison between internal protein nanoenvironments of α-helices and beta-sheets. Plos One, v. 15, n. 12, p. 1-13, Dec. 2020. Artigo e0244315.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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8.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; BORRO, L. C.; JARDINE, J. G.; YANO, I. H.; SALIM, J. A.; NESHICH, G. Study of specific nanoenvironments containing [alfa]-helices in all-[alfa] and ([alfa]+[beta])+([alfa]/[beta]) proteins. Plos One, v. 13, n. 7, p. 1-25, 2018. Artigo e0200018.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Territorial.
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9.Imagem marcado/desmarcadoJARDINE, J. G.; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; MORAES, F. R. de; SALIM, J. A; BORRO, L.; NISHIMURA, L. S.; NESHICH, G. Computational Molecular Biology and its applications in agriculture. In: MASSRUHÁ, S. M. F. S.; LEITE, M. A. de A.; LUCHIARI JUNIOR, A.; ROMANI, L. A. S. (Ed.). Information and communication technologies and their relations with agriculture. Brasília, DF: Embrapa, 2016. ch. 6, p. 103-118.
Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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10.Imagem marcado/desmarcadoNESHICH, G.; YANO, I. H.; MAZONI, I.; SALIM, J. A; BORRO, L. C. STING_MSSP: Multiple structure single parameter. Versão 1.0. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2016.
Tipo: Software
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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11.Imagem marcado/desmarcadoSALIM, J. A.; BORRO, L.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Multiple structure single parameter: analysis of a single protein nano environment descriptor characterizing a shared loci on structurally aligned proteins. Bioinformatics, v. 32, n. 12, p. 1885-1887, 2016.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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12.Imagem marcado/desmarcadoSALIM, J. A.; BORRO, L.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Multiple Structures Single Parameter (MSSP): analysis of a single protein nano environment descriptor characterizing a shared loci on structurally aligned proteins. Bioinformatics Advance, v. 32, n. 12, p. 1885-1887, June 2016.
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Territorial.
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13.Imagem marcado/desmarcadoSALIM, J. A. Aplicação de técnicas de reconhecimento de padrões usando os descritores estruturais de proteínas da base de dados do software STING para discriminação do sítio catalítico de enzimas. 2015. 216 p. il. Dissertação (Mestrado) - Faculdade de Engenharia Elétrica e Computação, Universidade Estadual de Campinas, Campinas. Orientador: Fernando José Von Zuben, Co-orientador: Goran Neshich.
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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14.Imagem marcado/desmarcadoBORRO, L. C.; SALIM, J. A.; MAZONI, I.; YANO, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Improving binding affinity prediction by using a rule-based model with physical-chemical and structural descriptors of the nano-environment for protein-ligand interactions. In: CONGRESS OF THE INTERNATIONAL UNION FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 23.; ANNUAL MEETING OF THE BRAZILIAN SOCIETY FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 44., 2015, Foz do Iguaçu. Biochemistry for a better world: abstracts book. [Foz do Iguaçu]: SBBq, 2015. p. 153. C.047.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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15.Imagem marcado/desmarcadoNESHICH, I. A. P.; NISHIMURA, L.; MORAES, F. R. de; SALIM, J. A.; VILLALTA-ROMERO, F.; BORRO, L.; YANO, I. H.; MAZONI, I.; TASIC, L.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Computational Biology tools for identifying specific ligand binding residues for novel agrochemical and drug design. Current Protein and Peptide Science, v. 16, n. 8, p. 701-717, 2015.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 2
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16.Imagem marcado/desmarcadoNESHICH, G.; NESHICH, I. A. P.; MORAES, F.; SALIM, J. A.; BORRO, L.; YANO, I. H.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; ROCCHIA, W. Using structural and physical-chemical parameters to identify, classify, and predict functional districts in proteins-the role of electrostatic potential. In: ROCCHIA, W.; SPAGNUOLO, M. (Ed.). Computational electrostatics for biological applications: geometric and numerical approaches to the description of electrostatic interaction between macromolecules. Cham: Springer, 2015. Chapter 12. p. 227-254.
Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico
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17.Imagem marcado/desmarcadoJARDINE, J. G.; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; MORAES, F. R. de; SALIM, J. A.; BORRO, L.; NISHIMURA, L. S.; NESHICH, G. Biologia computacional molecular e suas aplicações na agricultura. In: MASSRUHÁ, S. M. F. S.; LEITE, M. A. de A.; LUCHIARI JUNIOR, A.; ROMANI, L. A. S. (Ed.). Tecnologias da informação e comunicação e suas relações com a agricultura. Brasília, DF: Embrapa, 2014. Cap. 6. p. 101-117.
Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico
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18.Imagem marcado/desmarcadoMORAES, F. R. de; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; PEREIRA, J. G. C.; SALIM, J. A.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Improving predictions of protein-protein interfaces by combining amino acid-specific classifiers based on structural and physicochemical descriptors with their weighted neighbor averages. Plos One, San Francisco, v. 9, n. 1, p. 1-15, Jan. 2014.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
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19.Imagem marcado/desmarcadoSALIM, J. A.; VON ZUBEN, F. J.; MORAES, F. R. de; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; JARDINE, J.; NESHICH, G. Characterization of catalytic site residues using STING_DB structural descriptors. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY; STRUCTURAL BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOPHYSICS CONFERENCE MEETING, 8., 2012, Long Beach, California. Abstracts... California: ISCB, 2012. Não paginado. Poster. 3DSIG 2012.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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20.Imagem marcado/desmarcadoYANO, I. H.; MORAES, F. R. de; SALIM, J. A.; NESHICH, G.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G. RNDS: Rede Neural para Classificar Descritores do Sting. Versão 1.0. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2012. 1 CD-ROM.
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